Фамилия Милёнушкина хранит в себе ласковое слово, которым когда-то называли дорогого человека. В её основе лежит мирское имя или прозвище Милёнушка, а то, в свою очередь, образовано от устаревшего прилагательного «милёный» — то есть «милый, родной». Такой корень сразу рассказывает о тёплом, даже нежном отношении к предку: имя давали не случайно, а с пожеланием, чтобы ребёнок вырос приятным в общении, с добрым нравом и отзывчивым характером.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Милёнушк- добавляется суффикс притяжательного прилагательного -ин, который в русских фамилиях отвечает на вопрос «чей?». Милёнушкин — это буквально «сын (или дочь) Милёнушки». Такая модель типична для северных и центральных русских говоров, где ласкательные имена с суффиксом -ушк- охотно становились основами фамилий. Показательно, что в фамилии сохранилось ударение на второй слог — Милёнушка, что тоже указывает на живую, разговорную природу имени, а не на книжную традицию.

Интересно, что фамилия закрепилась именно в женской форме — Милёнушкина. В русской традиции это нормально: если носительницей была женщина, то в документах писали соответствующую форму, и она могла закрепиться за семьёй. Мужской вариант — Милёнушкин — встречается реже, но по происхождению они полностью совпадают. Оба варианта восходят к одному прозвищу, которое, судя по смыслу, давали человеку с мягким, покладистым характером, возможно, младшему в семье или тому, кого особенно любили.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к церковным святцам: Милёнушка — это не календарное имя, а чисто народное, мирское. В старину такие имена давали наряду с крестильными, чтобы уберечь ребёнка от сглаза или просто чтобы подчеркнуть семейную привязанность. Подобные фамилии — Милёнов, Милёнков, Милушкин — встречаются в русской ономастике, и все они выросли из одного корня, но именно форма Милёнушкина сохранила наиболее ласкательный, уменьшительный оттенок.