Фамилия Милен — редкий случай, когда искать её корни стоит не в русском, а во французском языке. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, оканчивающихся на суффиксы принадлежности (-ов, -ин, -ский), Милен — это чистая основа, которая пришла в русский обиход без переделки. Такие фамилии обычно указывают на нерусское происхождение основателя рода.

Самое прямое объяснение — французское имя Milène, которое в свою очередь восходит к краткой форме от Marie-Hélène (Мария-Елена). В России конца XVIII–XIX века было модно приглашать на службу французов — гувернёров, учителей, ремесленников, поваров. Их потомки, оседая в империи, получали фамилию по имени отца или по прозвищу, и Милен могла закрепиться за семьёй выходца из Франции. Другая, менее вероятная версия — происхождение от южнославянского имени Милен (от корня «мил»), которое встречается у сербов и болгар. В этом случае фамилия могла появиться в русских землях через переселенцев с Балкан, но тогда она писалась бы с ударением на первый слог, тогда как французская версия предполагает ударение на «е» (Миле́н).

Суффикса в русском понимании у фамилии нет — это усечённая форма, что и делает её уникальной. Она не вписывается в стандартную модель русских фамилий, поэтому носители Милен в дореволюционных документах чаще всего значились как иностранные подданные или дети «иностранцев, состоящих на русской службе». Географически фамилия встречается рассеянно, без выраженного гнезда — это характерно для поздних заимствований.

Если сравнивать с однокоренными, то в России есть фамилии Миленко, Милентьев, Миленский — все они образованы от славянского «мил» и суффиксами. Милен стоит особняком: это не переосмысленная основа, а готовое имя, ставшее фамилией без изменений. Социальный контекст здесь яснее, чем у многих: предки носителя Милен, скорее всего, были не крестьянами, а людьми городских профессий, связанных с образованием или услугами, — теми самыми «французиками из Бордо», о которых писал ещё Пушкин.