Фамилия Миленин (и её вариант Милёнин) напрямую связана с древним славянским корнем «мил», который лежит в основе целого пласта имён и прозвищ. Если искать самый прямой ответ, то фамилия восходит к женскому имени Милена, которое, в свою очередь, является парой к мужскому славянскому имени Милан. Все эти имена — Милан, Милена, Милёна — образованы от основы «мил» и несут значение «милый, нежный, добрый, великодушный». Такие имена были широко распространены у славян, поскольку родители вкладывали в них пожелание ребёнку приятного нрава и доброго сердца.

Существует и вторая, менее вероятная, но вполне допустимая версия. Фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища, образованного от прилагательного «милый» или устаревшего «милёный» (в значении «милый, родной»). В этом случае Миленом или Милёной могли называть человека с кротким нравом, добродушного и незлобивого. Прозвище могло относиться и к внешности — так могли сказать о симпатичной, милой девушке. Таким образом, именование содержало указание и на характер, и на внешность, что типично для прозвищ той поры.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на гласную или мягкий согласный, и указывал на принадлежность. В данном случае Миленин означает «сын Милены» или «человек из рода Милены». Важно отметить, что написание через «ё» (Милёнин) — не ошибка, а отражение живого произношения, которое в документах часто фиксировалось через «е». Оба варианта имеют единую этимологию.

Процесс формирования фамилий у восточных славян был длительным и растянулся на несколько столетий, в основном завершившись к XVII–XVIII векам. Поэтому точно сказать, где и когда именно возник род Милениных, можно лишь на основании глубоких генеалогических изысканий с привлечением архивных документов. Сама же фамилия — яркий пример того, как личное имя или прозвище, подчёркивающее душевные качества человека, закреплялось за его потомками и переживало века.