Фамилия Милёнушкин образована от мирского имени или прозвища Милёнушка, которое восходит к устаревшему прилагательному «милёный» — «милый, родной». Это ласкательная форма, и в ней сразу слышится тёплое, домашнее обращение, которым в старину могли называть и любимого ребёнка, и близкого человека.

Вероятнее всего, родители нарекли так младенца, желая ему вырасти приятным в общении, с добрым нравом и отзывчивой душой. Такие имена-пожелания были широко распространены в дохристианской традиции именования: называя ребёнка Милёнушкой, семья как бы программировала его судьбу на лад и согласие с окружающими. Не исключён и второй путь: прозвище Милёнушка могли дать взрослому человеку за мягкий характер и душевную теплоту, и уже от этого прозвища пошла фамилия у его потомков.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ушк- придаёт основе уменьшительно-ласкательный оттенок, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: Милёнушкин буквально значит «сын (или потомок) Милёнушки». Такая схема типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ с ласкательными суффиксами, — вспомним хотя бы Ванюшкиных, Петрушкиных или Мамёнкиных.

Интересно, что в написании фамилии сохранилась буква «ё», которая в большинстве документов XX века часто заменялась на «е». Поэтому в архивах можно встретить варианты Миленушкин и Милёнушкин, но они обозначают одну и ту же фамилию и одно происхождение. Это стоит учитывать при поиске предков: в метрических книгах и ревизских сказках фамилия могла фиксироваться без точек над «ё».

В целом фамилия Милёнушкин — редкий и выразительный пример того, как личное, почти интимное именование, полное нежности, закрепилось в родовом прозвании и пронесло через века пожелание добра и любви, которое когда-то вложили в него предки.