Фамилия Милёнушкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Милёнушкин послужило мирское имя Милёнушка. Мирское имя Милёнушка берёт начало от устаревшего прилагательного «милёный» со значением «милый, родной». Вероятно, родители назвали ребёнка именем Милёнушка, желая, чтобы он вырос приятным людям, имел добрый нрав и отзывчивый характер. Не исключено, что фамилия Милёнушкин образована от прозвища Милёнушка, имеющего ту же этимологию, что и имя. В таком случае, именование Милёнушка отражает особенности характера его обладателя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милёнушка, со временем получил фамилию Милёнушкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Милёнушкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Милёнушкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.