Фамилия Милешкены — одна из тех, чью форму лучше всего объясняет география. Это не типичная русская фамилия на -ов или -ин, а характерная для Молдовы и Румынии форма множественного числа. В румынском и молдавском языках фамилии часто закрепляются во множественном числе (с окончанием -ești, -eni, -anu), и «Милешкены» — это русская или украинская передача такой фамилии. Исходный вариант мог звучать как Mileșteni или Mileșcani, а на письме в документах Российской империи его записывали на слух, с типичным окончанием «-ены».

Основа фамилии — корень «Милешк-», который восходит либо к молдавскому имени Милеш (уменьшительная форма от Эмилиан, Корнелиу или другого имени с суффиксом -еш), либо к топониму. В Молдове есть несколько сёл с названием Милешты (Milești), а также Милештий-де-Жос и Милештий-де-Сус. Фамилия Милешкены могла образоваться по модели «родом из Милешт», то есть указывать на выходцев из этого села. В ономастике такой способ — через суффикс принадлежности -еск/-ешть — типичен для восточнороманских языков: он буквально значит «люди из такого-то места» или «потомки такого-то человека».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с молдавским словом «милешк» — так в некоторых говорах называли мелкую монету или нечто малоценное. Однако прозвище по монете редко становилось основой для фамилии в такой форме. Куда правдоподобнее, что предки носителей фамилии Милешкены были крестьянами или мелкими землевладельцами из Бессарабии, где после присоединения к Российской империи в 1812 году молдавские фамилии записывали по-русски с разными искажениями.

Встречается фамилия преимущественно на территории бывшей Бессарабской губернии — в современной Молдове, Одесской области Украины и в среде молдавских переселенцев на Кубани. В русском контексте Милешкены — редкий пример фамилии, которая сохранила нерусскую грамматическую модель, не адаптировавшись под суффиксы -ов или -ин. Это делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Милешкен, ищите корни в молдавских или румынских метрических книгах конца XIX века.