Фамилия Милихин звучит так, будто в ней спрятано имя Михаил, и это действительно так. В основе фамилии лежит каноническое имя Михаил, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка. В переводе оно означает «подобный Богу» или «тот, кто равен Богу». В иудейской и христианской традиции Михаил — один из семи архангелов, почитаемый как покровитель воинов и защитник от зла.

Словообразовательная модель здесь необычна и как раз показывает, как живой язык меняет привычные формы. Стандартная фамилия от имени Михаил выглядела бы как Михайлов или Михалин. В случае с Милихиным мы видим утрату начального слога «Ми» и стяжение: от имени Михаил осталась основа «Милих-», к которой добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на родство: Милихин — это «сын Милиха», где Милих — народная, разговорная форма имени Михаил.

Утрата гласного «и» (Михаил → Милих) — не случайная ошибка, а следствие исторических фонетических процессов. В разговорной речи имя часто произносили бегло, проглатывая звуки, особенно в середине слова. Так Михаил превращался в Михала, а затем в более удобную для произношения форму Милих. Подобные сокращения встречаются во многих русских фамилиях: от Иван — Ванин, от Степан — Стёпин, от Михаил — Милихин.

Изначально фамилия закрепилась за потомками конкретного человека по имени Милих (или Михаил), которые жили, скорее всего, в северных или центральных русских землях, где были распространены такие просторечные формы имен. В документах XVII–XVIII веков, когда фамилии только начинали массово фиксироваться, форма Милих могла писаться по-разному: Милихин, Милихинъ, а иногда и Милихинский, если речь шла о выходцах из духовного сословия. Но основной, самой распространенной осталась именно короткая форма с суффиксом -ин.

Родственные фамилии — Михилев, Мишин, Мишагин, Мишулин — образованы от тех же производных форм имени Михаил, но каждая по-своему. Милихин выделяется тем, что в нем сильнее всего стерлась связь с исходным именем: человек, не знающий этимологии, вряд ли сразу услышит в нем «Михаила». Это делает фамилию не просто наследственным именованием, а маленьким памятником тому, как менялась русская речь на протяжении столетий.