Фамилия Милихин, как и её более частый вариант Михилин, восходит к каноническому имени Михаил. В переводе с древнееврейского оно означает «подобный Богу», а в христианской традиции Михаил — архангел, предводитель небесного воинства и покровитель солдат. Именно эта смысловая связка — имя, данное при крещении, — и легла в основу фамилии.

Обратим внимание на словообразовательную модель. Фамилии типа Милихин или Михилин образованы не напрямую от полной формы имени, а от его уменьшительных, разговорных вариантов. В народной среде имя Михаил звучало как Михайла, Михайло, а от него уже пошли краткие формы: Миха, Миша, Миля. От основы Мил- с помощью суффикса -их- и образовалось прозвище Милиха, которое затем закрепилось за потомками как фамилия Милихин. Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность: «сын Милихи».

Утрата гласного «и» в корне — явление, характерное для живой речи. Форма Милихин могла возникнуть как побочный вариант от Михилин: звук «и» после «м» в безударной позиции редуцировался, а на письме закрепился упрощённый вариант. Поэтому обе фамилии — Милихин и Михилин — по сути, родственницы, и их носители могут иметь общего предка по имени Михаил.

Точное место и время появления фамилии Милихин установить сложно: такие «домашние» формы имён возникали в разных регионах независимо друг от друга. Однако можно предположить, что фамилия закрепилась в среде крестьян и посадских людей, где прозвища по отцу были обычным делом. В документах XVII–XVIII веков подобные фамилии встречаются повсеместно, но привязка к конкретной местности требует отдельного генеалогического поиска.

Интересно, что суффикс -их- в основе Милиха встречается и в других русских фамилиях, например, Милихин, Милихов, что говорит о продуктивности этой модели. Сама же фамилия остаётся относительно редкой, что делает её носителей носителями довольно уникального семейного имени, сохранившего память о древнем имени Михаил в его простонародной, тёплой форме.