Фамилия Милиховский — одна из тех, что сразу выдают польское или западнорусское происхождение, причём не крестьянское, а шляхетское. Суффикс -ский (в польском варианте -ski) в XVI–XVII веках был знаком принадлежности к благородному сословию: так образовывали фамилии от названий имений, родовых гнёзд. Милиховский — значит «тот, кто из Милихова» или «из Милиховиц».

Корень Милих- восходит к личному имени Милих — уменьшительной форме от Мил, Милослав, Милован или крестильного Емилиан (в просторечии — Милиан, Миля). В старопольских и древнерусских грамотах имя Милих встречается как самостоятельное прозвище: так могли назвать человека милого, приятного, ласкового. Сравните с фамилиями Милихов, Милихин — они образованы от того же корня, но с другими суффиксами.

География фамилии традиционно связывается с историческими землями Великого княжества Литовского и Речи Посполитой — современные Беларусь, Украина, восток Польши. В Российской империи Милиховские чаще всего встречались среди мелкопоместной шляхты Могилёвской, Витебской, Волынской губерний. После разделов Польши многие из них перешли на государственную службу, но сохранили фамильный суффикс, указывающий на дворянское происхождение.

Интересная деталь: в русских переписных книгах XVIII века фамилию могли записать как Милиховской — с двойным суффиксом, что отражает переход польской модели на русскую почву. Встречается и вариант Милиховский с ударением на второй слог, хотя исходное польское произношение — с ударением на предпоследний слог: Милихóвский.

Таким образом, Милиховский — не случайное прозвище, а фамилия с чёткой территориальной привязкой: предок владел или жил в местечке Милихово (Милиховице). Имя-основа Милих добавляет оттенок личного прозвища, но первичен именно топонимический смысл.