Фамилия Милюковский образована по типичной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -ский, который указывает на принадлежность к местности или роду. Такие фамилии чаще всего получали дворяне, шляхта или духовенство, а также жители, переселившиеся из сёл и местечек с похожими названиями. Основа фамилии — Милюк, имя или прозвище, которое могло возникнуть от канонического имени Емилиан (в просторечии Милюта, Миля) или от диалектного «милый» с уменьшительным суффиксальным оформлением. В некоторых говорах «милюк» означало «любимец», «баловень», что могло закрепиться за человеком как ласкательное прозвище.

Географически фамилия Милюковский тяготеет к западнорусским и украинско-белорусским землям, где топонимы вроде Милюки, Милюково встречаются чаще. В списках дворянских родов Царства Польского и западных губерний Российской империи такие фамилии нередки: они указывали на владение имением или службу при костёле. Суффикс -ский в польской традиции мог сигнализировать о шляхетском происхождении, хотя со временем фамилию перенимали и крестьяне, переселявшиеся из деревни с названием Милюки.

Интересная деталь: в отличие от более распространённой фамилии Милюков (с суффиксом -ов, указывающим на патроним), Милюковский подчёркивает именно территориальную или сословную привязку. Если Милюков — это «сын Милюка», то Милюковский — «выходец из Милюков» или «принадлежащий к роду из Милюков». Это различие часто упускают, но для этимолога оно принципиально: разные суффиксы говорят о разной истории формирования.

Встречаемость фамилии невысокая, что делает её ценной для генеалогии. Вероятнее всего, предки носителя фамилии были либо мелкими землевладельцами на западе Российской империи, либо выходцами из униатского или православного духовенства, где фамилии на -ский были нормой. Точных данных о знаменитых носителях нет, но сама фамилия — надёжный маркер поиска корней в междуречье Днепра и Буга.