Фамилия Милюковская образована от прозвища Милюковский. Оно же, скорее всего, восходит к названию деревни Милюково, расположенной в Новодугинском районе Смоленской области России. Кроме того, одноименные населенные пункты можно встретить в Московской и Ивановской областях. Сам топоним, возможно, происходит от прилагательного «милый», то есть «любимый, дорогой, желанный». Таким образом, вполне вероятно, что основатель рода Милюковских родился и жил в одном из этих мест.