Фамилия Милькин ведет свое начало от еврейского женского имени Милька. В переводе на русский язык оно означает «владычица». В Торе имя Милька носила одна из дочерей Цлофхада. Характерный суффикс –ин указывает на то, что фамилия Милькин возникла под российским влиянием. Ашкеназские фамилии оформляются формантами -сон/-зон (в буквальном переводе «сын»), -ман («человек, мужчина, муж»), -кинд («ребенок»), -бейн («кость»), -штам («ствол»), -ер, -с. Евреи Израиля часто имеют фамилии, оформленные еврейскими суффиксами принадлежности –ис/-ес, -и, приставкой бен- (в переводе с иврита «сын») и артиклем принадлежности к роду Га-. Среди известных представителей фамилии - Янкель-Меер Нохим-Аронович Милькин (1877—1944), российский и французский художник еврейского происхождения.