Фамилия Милькова образована от мирского имени Милько (или Милька) — так в старину звали человека без оглядки на церковный календарь. Имя это не из святцев, а из живой народной традиции, и за ним стоят как минимум две версии происхождения.

Первая и самая естественная: в основе лежит общеславянский корень мил- и прилагательное «милый». Милько — это ласкательное именование любимого, дорогого человека, возможно, младшего в семье или того, к кому относились с особой теплотой. Такие имена-пожелания давали, чтобы ребенок рос в любви и сам был добр к людям.

Вторая версия отсылает к слову «мiлька» — так в некоторых славянских говорах называли маленькую рыбу. Имена от названий животных, птиц и рыб в дохристианскую эпоху встречались сплошь и рядом: люди верили, что имя-оберег защитит от злых сил и передаст ребенку качества живого существа. Милькой могли прозвать шустрого, верткого человека или же просто дать такое имя по народной традиции.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Милькова — это дочь, жена или вдова человека по прозвищу Милько. То есть изначально фамилия звучала как «Милькова жена» или «Милькова дочь», а затем закрепилась как родовое имя. Мужской вариант — Мильков — встречается чаще, но форма на -а сохранилась в семьях, где родоначальником был именно носитель имени Милько.

В обоих случаях — от «милого» или от «рыбки» — прозвище звучало тепло и беззлобно, а потому и прижилось в народе. Сказать точно, какая версия верна для конкретной семьи, без генеалогических изысканий нельзя, но первая, «ласкательная», выглядит правдоподобнее: корень мил- широко представлен в древнерусских именах (Милован, Милонег, Милята), и Милько органично вписывается в этот ряд.