Фамилия Милькота звучит необычно для русского уха, и её разбор сразу даёт ключ к происхождению. В ней нет типичного русского фамильного суффикса -ов или -ин, что указывает на нерусскую, скорее всего, западнославянскую или балканскую основу. Скорее всего, это украинская, белорусская или, реже, польская фамилия, образованная от прозвища.

Основа «мильк» восходит к слову «милый» или к глаголу «миловать». Суффикс -ота (в украинском произношении -ота) характерен для отглагольных имён, обозначающих качество или состояние. «Милькота» — это «милование», «ласка», либо человек, которого так прозвали за мягкий, ласковый характер. В украинских и белорусских говорах слово «милько» могло быть уменьшительной формой от «милий». Таким образом, Милькота — это тот, кого ласково называли «милько», или же тот, кто сам «милькотав» (ласкался, льнул).

Версия с польским влиянием также возможна. В польском языке есть слово «miłota» (милота, ласка), а суффикс -ota в фамилиях (например, Дремота, Зевота) нередко давал прозвища по характерной черте. Однако для фамилии Милькота более вероятно украинское происхождение, так как в украинской ономастике модель «прозвище + -ота» встречается чаще, чем в польской.

Географически фамилия Милькота сосредоточена на западе и юге Украины, особенно в Винницкой, Хмельницкой и Житомирской областях, а также в приграничных районах Беларуси и Польши. В России она редка и, как правило, принадлежит потомкам переселенцев с Украины. В дореволюционных списках фамилия фиксировалась в Волынской и Подольской губерниях.

Сословно носители фамилии Милькота — это, в основном, крестьяне и казаки. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно: она не попала в «Общий гербовник» и не упоминается в родословных книгах. Встречается она и среди православного, и среди греко-католического населения, что подтверждает её народное, а не церковное происхождение.

Словообразовательная модель здесь проста: прозвище Милько (от «милый») плюс суффикс -ота, который превращает личное прозвище в фамилию. Фамилия осталась в своей исходной форме, без патронимических суффиксов, что для украинской традиции нормально.