Фамилия Милун — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение напрямую зависит от того, в какой среде она возникла: у южных славян или у русских. И это тот случай, когда география важнее морфологии.

Если фамилия сербская, хорватская или черногорская, то перед нами типичная балканская модель: основа Мил- (от корня «мил», «милый») плюс суффикс -ун, образующий прозвища и личные имена. В сербском языке Милун — это полноценное мужское имя, уменьшительно-ласкательное от Милан, Милован или Милош. Фамилия, таким образом, произошла от имени напрямую, без добавления русских патронимических суффиксов -ов/-ев. Носитель такой фамилии — потомок человека, которого звали Милун.

В русской среде фамилия Милун встречается гораздо реже, и здесь возможны две версии. Первая: это прозвище от глагола «миловать» или прилагательного «милый» с тем же суффиксом -ун, который в русском языке часто давал прозвища по характерному действию или свойству (например, «говорун», «крикун»). Милуном могли назвать ласкового, обходительного человека или, наоборот, того, кто любит «миловаться» — нежиться, ластиться. Вторая версия, менее вероятная: фамилия могла возникнуть как усечённая форма от полных фамилий вроде Милунов или Милунский, но в таком случае мы бы видели больше документальных подтверждений в старых переписях.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В сербском варианте оно, скорее всего, падает на первый слог: Милун. В русском — возможно колебание, но логичнее ударение на второй слог: Милун, по модели «говорун», «шатун».

По сословному составу сказать что-то определённое сложно. В балканском варианте фамилия могла принадлежать кому угодно — от крестьянина до городского ремесленника. В русском контексте, если судить по редкости, Милун — фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская, записанная в каком-то одном регионе и не получившая широкого распространения. Сравните с однокоренными, но более частотными Милов, Миловзоров, Миловидов — они показывают, что корень «мил» был популярен, но форма Милун осталась маргинальной.