Фамилия Миндибаевы — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать в башкирском или татарском контексте. Основа фамилии — составное мужское имя Миндибай, которое в прошлом было распространено у башкир, татар, отчасти у казахов. Первая часть «мин» восходит к арабскому «мин» (тысяча), но в тюркской антропонимии это слово часто входило в имена с пожеланием долголетия или множества потомков — «тысяча лет жизни». Вторая часть «ди» — спорный элемент; скорее всего, это искажённое «дин» (вера, религия) в результате фонетического перехода: Миндибай изначально могло звучать как Минди(н)бай, то есть «тысяча вер» или «богатый верой». Третий компонент «бай» — классический тюркский титул «богач, хозяин, господин», который в именах превратился в пожелание достатка и уважения. Таким образом, Миндибай — это имя-пожелание: «будь богат и живи тысячу лет в вере».

Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилии, типичную для народов Поволжья и Приуралья: к тюркскому имени прибавляли русский патронимический суффикс, и фамилия Миндибаевы буквально означает «потомки Миндибая». В документах XIX — начала XX века такие фамилии часто фиксировались у башкир и татар-мишарей, которые активно переходили на русскую фамильную систему после реформ.

Географически фамилия Миндибаевы привязана к Башкортостану, в первую очередь к южным и западным районам республики, а также к соседним областям — Оренбургской, Челябинской. Встречается она и у татар Закамья. Социально носители фамилии в основном были крестьянами-земледельцами или скотоводами, реже — военными из башкирского сословия. Дворянских корней у Миндибаевых нет: это фамилия крестьянская и казачья (в Оренбургском казачьем войске служили многие башкиры и татары).

Ошибочно связывать фамилию с каким-либо ремеслом или прозвищем — перед нами чисто именная модель, где личное имя стало родовым. Встречаются варианты написания Миндибаев (без -ы), но форма «Миндибаевы» подчёркивает коллективный родовой характер, принятый в русской традиции для обозначения семьи в целом.