Фамилия Минекаева — вариант женской формы фамилии Минекаев, которая встречается в основном у татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья. Её основа — тюркское мужское имя Минекай, которое состоит из двух частей: «мин» (первая часть, часто означающая «я» или «тысяча» в разных тюркских языках, но в именах нередко выступает как сокращение от «минле» — «с родинкой») и «кай» (уменьшительно-ласкательный аффикс, характерный для татарских и башкирских имён). Таким образом, Минекай — это ласковое производное от имени с корнем «мин», например, от Миннулла, Миннебай или Мингали.

Суффикс -ев в фамилии Минекаев — русский патронимический формант, который добавили при оформлении фамилии в документах. У тюркских народов после присоединения к России фамилии часто русифицировали: к основе на -ай добавляли -ев (как в случае с Толмачев, Ахметев). Окончание -а в женской форме — стандартное русское родовое окончание.

Географически фамилия Минекаева тяготеет к Татарстану, Башкортостану и Оренбургской области. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, предки носителей жили в одном селе или волости, где имя Минекай было популярно. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках такая фамилия почти не фиксируется — это говорит о том, что она оформилась поздно, в советское время, когда паспортизация закрепила фамилии за целыми семьями.

Интересная деталь: в некоторых говорах татарского языка имя Минекай могло звучать как «Минәкәй», с мягким «ә». Это могло повлиять на написание в русских документах: вместо «Минякаев» закрепился вариант через «е» — Минекаев. Такие фонетические колебания типичны для фамилий, записанных со слуха чиновниками, не знавшими тюркских языков.