Фамилия Мингафина — женская форма мужской фамилии Мингафин. В основе лежит арабское имя Мингафи (Мингаф), которое, в свою очередь, восходит к тюрко-арабскому имени Мингафур. Корень «гафур» (от арабского «гафур» — «всепрощающий», один из эпитетов Аллаха) в сочетании с «мин» (от татарского «мин» — «я», либо компонент сложных имен, означающий «тысяча» в значении «множество») даёт значение «тысяча прощений» или «многопрощающий». Такой тип имён характерен для татарской и башкирской мусульманской традиции, где имена часто строятся из двух смысловых частей, прославляющих Бога или выражающих благочестивые пожелания.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Мингафин — сын Мингафи. В русской среде этот суффикс закрепился в фамилиях тюркского происхождения по той же модели, что и в фамилиях на -ов/-ев, — как показатель родства. Фамилия образована напрямую от имени отца, без промежуточного прозвища или профессии. Это типичная «патронимическая» фамилия, которая говорит о том, что предок носителя был назван при рождении Мингафи.

Фамилия распространена в Татарстане, Башкортостане, а также в среде татарских и башкирских диаспор в других регионах России. Встречаются варианты написания с одной «ф» — Мингафина, что связано с особенностями передачи арабских звуков через кириллицу. В дореволюционных записях могла писаться как Мингафина или Мингафинна, но современная орфография закрепила двойное «ф» как более точную передачу исходного звука.

В сословном отношении предки Мингафиных относились к государственным крестьянам, реже — к купечеству или духовенству, так как имя Мингафи (с корнем «гафур») часто давали в среде мулл и образованных мусульман. Никаких свидетельств о дворянском происхождении фамилии нет — это фамилия народная, бытовая, не попавшая в гербовники.