Фамилия Минильшин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Она образована по самой распространённой русской модели на -ин, что указывает на принадлежность к предку по отцу: «чей?» — Минильшин, то есть сын Минильши. Основа здесь — мужское прозвище или имя Минильша, которое и нужно расшифровать.

Скорее всего, в основе лежит тюркское или арабское имя, адаптированное в русской среде. Наиболее вероятная версия — от имени Миниль, варианта имени Минниль или Минле (от арабского «минн» — милость, дар). В татарской и башкирской ономастике распространены имена с компонентом «Мин» (например, Миннебай, Минниахмет). Суффикс -ша в русских фамилиях часто служил уменьшительно-ласкательной формой (как Гриша от Григорий, или Миша от Михаил). Таким образом, Минильша могло быть домашним, обиходным именем человека, которого в официальных документах звали иначе, например, Миниль или Миннибай.

Вторая, менее вероятная версия — отглагольное прозвище. В некоторых говорах «минить» означало «мнить, думать, полагать», а «минельщик» — человек, который много мнит, фантазёр. Однако суффикс -льш- нехарактерен для русских прозвищ, и фамилии на -ин от таких основ почти не встречаются. Поэтому тюркская версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Минильшин тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары, башкиры и русские. Носители фамилии встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Скорее всего, предок Минильшиных был крещёным татарином или башкиром, либо русским, получившим прозвище от соседей-мусульман. Сословно это могли быть государственные крестьяне или казаки, реже — мещане.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Минильбаев, Минилькаев) подтверждает, что корень «Миниль» — это адаптация арабского «минн» (милость). Так что Минильшин дословно означает «потомок того, кого назвали Милостивым» или «сын Минильши». Фамилия редкая, но её этимология прозрачна — если знать, в какую сторону смотреть.