Фамилия Минилшина — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская или арабо-тюркская, но оформлена она по русской модели. Чтобы это понять, разбираем слово по частям.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Минилшин, то есть потомок человека по прозвищу или имени Минилша. Но что такое «Минилша»? Это диалектный вариант мужского имени Минниша (или Минниш), распространённого у татар и башкир. Имя сложное: «мин» (по-татарски «родинка» или «я», но в именах чаще как компонент со значением «тысяча», то есть «множество») + «ниша» (от арабского «нишан» — «знак», «метка», «цель»). В целом имя Минниша можно перевести как «цель тысяч» или «знак тысяч», что в мусульманской традиции звучало как пожелание высокой цели и значимости.

Однако есть и вторая, более прозаичная версия. В некоторых говорах Поволжья слово «минель» или «минел» означало «ленивый», «медлительный» человек. Тогда Минилша — это прозвище, образованное от этого корня с помощью ласкательного суффикса -ш- (как «дедушка» от «дед», «Паша» от «Павел»). Человек по прозвищу Минилша — нерасторопный, спокойный. Эта версия объясняет, почему фамилия встречается в русской среде, а не только в татарской.

Географически фамилия Минилшина привязана к зоне контакта русских и тюркских народов — к территориям бывшей Казанской, Симбирской, Уфимской губерний. Там же, кстати, фиксируется фамилия Миннишин — её прямой аналог, только без оглушения «н» перед «ш». Сравнение этих двух форм показывает, что вариант с «л» (Минилшин) — результат местного произношения: звук «н» перед «ш» в быстрой речи перешёл в «л» (явление ассимиляции). Так что предки Минилшиных могли быть как русскими крестьянами, получившими прозвище за характер, так и крещёными татарами или башкирами, чьё личное имя адаптировали под русский суффикс.

Социальный слой — почти наверняка крестьянство или мещанство. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не прослеживается. Фамилия нечастая, но не уникальная: в современных базах данных встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Самарской областях.