Фамилия Минликеев — яркий образец тюркского ономастикона, попавшего в русскую фамильную систему. Ее основа — мужское личное имя Минлике (варианты: Минликай, Минлекай), которое состоит из двух корней: «мин» (родинка, родимое пятно) и «ке» (уменьшительно-ласкательный аффикс, характерный для тюркских имен). В тюркской традиции родинка считалась счастливым знаком, поэтому имя Минлике можно перевести как «счастливый, отмеченный судьбой» или «имеющий родинку». Суффикс «-ев» — русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду: Минликеев буквально означает «сын Минлике» или «из рода Минлике».

Важная деталь: в фамилии нет типичного для многих тюркских фамилий суффикса «-ов», а стоит «-ев». Это не случайность. Если в основе имя, оканчивающееся на мягкий согласный или гласный «е», «и», русская канцелярия при оформлении документов в XIX — начале XX века часто добавляла именно «-ев» вместо «-ов». Так что написание Минликеев (а не, скажем, Минликов) закрепилось из-за фонетического строя исходного имени.

Географически фамилия привязана к регионам расселения башкир и татар, прежде всего на территории современного Башкортостана и Оренбургской области. В башкирском именнике имя Минликай (Минлекай) встречается очень часто, и именно из этой среды, вероятнее всего, вышла фамилия. Встречаются и однокоренные фамилии: Минлибаев, Минлигареев, Минлекаев — все они образованы от сложных имен с первым компонентом «мин».

Сословно носители фамилии Минликеев могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми (тептярами, башкирами-вотчинниками). В документах ревизских сказок XIX века по Уфимской губернии фамилия фиксируется именно в таком написании, что подтверждает ее давнюю укорененность в башкирской среде. Редкость фамилии в целом (она не входит в сотни самых распространенных) говорит о том, что родоначальник был, скорее всего, заметной фигурой в своей деревне, но фамилия не размножилась до массовой.