Фамилия Миннубаева — редкий случай, когда основу можно разобрать почти пословно, но при этом не очевидно, какой из двух корней считать главным. Это женская форма фамилии Миннубаев, а в основе лежит составное арабско-тюркское имя.

Первая часть — «Минн(у)» — восходит к арабскому «мин» (من), что значит «от, из». Вторая часть — «убай» — это тюркское «убай» (в некоторых диалектах «уба», «оба») со значением «богатый, достаток» или, по другой версии, «старший брат, уважаемый человек». В целом имя Миннубай (Миннуба) можно перевести как «от богатства» или «изобильный», но в бытовом употреблении оно чаще означало пожелание: «пусть будет достаток». Имена с частицей «мин» в начале характерны для татарской и башкирской ономастики, где арабский предлог сливался с тюркским корнем, образуя новые сложные имена (ср. Миннехан, Миннуллин).

Фамилия образована по стандартной для Поволжья и Приуралья модели: к основе мужского имени Миннубай (или его усечённой форме Миннуба) добавили русский патронимический суффикс -ев. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на предпоследний слог: Миннуба́ева, хотя в устной речи возможны варианты.

Географически фамилия Миннубаева встречается почти исключительно в Татарстане, Башкортостане, а также среди татарских диаспор в Челябинской и Оренбургской областях. В дореволюционных записях она почти не фиксируется — это говорит о том, что фамилия оформилась относительно поздно, в XIX — начале XX века, когда у татар и башкир начали массово закрепляться наследственные фамилии. Предки носителей фамилии, вероятно, были крестьянами или мещанами, а имя Миннубай давали в честь деда или уважаемого родственника.

Особенность фамилии в том, что она сохранила редкую для русского уха конструкцию с двойным «н» и глухим «у» в начале. Встречаются варианты написания Миннобаева (под влиянием диалектного произношения) и Миннубаева (с буквой «ё» в суффиксе, что не меняет смысла, но отражает местную орфографическую традицию).