Фамилия Миндубаева — это отчество, которое образовали от тюркско-татарского мужского имени Миндубай. Произошло это по обычной для русской традиции модели: к основе имени добавили суффикс -ев, и потомок человека по имени Миндубай со временем стал писаться как Миндубаев. Так что корень у фамилии не русский, а тюркский, и связан он напрямую с личным именем предка.

Смысл имени Миндубай трактуют по-разному. Согласно первой версии, оно переводится как «поздравление» или несёт в себе пожелание: «Приветствую! Желаю мира, спокойствия!». То есть имя могло быть связано с тёплым напутствием, которое давали ребёнку при рождении. Вторая гипотеза считает Миндубай диалектным вариантом более распространённого имени Минлебай. Если следовать этой версии, разбирать имя нужно по частям. Первая часть восходит к татарскому слову «минле» — «с родинкой, имеющий родинку», а вторая — «бай», что в тюркских языках означает «господин, хозяин, богач». В таком случае буквальное значение имени Минлебай — «господин с родинкой», а фамилия Миндубаева хранит память о предке, который либо был отмечен этой приметой, либо получил имя в честь кого-то из старших родственников.

Какая из версий правдоподобнее? Скорее всего, вторая: имена с компонентом «бай» в тюркской среде встречались очень часто, а «минле» — известное татарское имя с прозрачной внутренней формой. Вариант же с «поздравлением» выглядит скорее народным переосмыслением, хотя полностью исключать его нельзя — в ономастике нередки случаи, когда имя осмыслялось заново уже после того, как вышло из активного употребления.

Род Миндубаевых может по праву гордиться своей фамилией как ценным источником семейной истории: передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении человека. Носители фамилии, скорее всего, имеют татарские или башкирские корни — именно в этих регионах имя Миндубай и его варианты бытовали чаще всего. Со временем фамилия закрепилась, пережила смену алфавитов и административных границ, но сохранила связь с тем самым именем, с которого всё началось.