Фамилия Миндубаев образована от тюркско-татарского мужского имени Миндубай, которое в переводе на русский язык означает «поздравление; слово со значением: «Приветствую! Желаю мира, спокойствия!». Согласно другой гипотезе, имя Миндубай представляет собой диалектный вариант имени Минлебай. Имя Минлебай, как и многие восточные имена, состоит из двух частей. Первая из них восходит к имени Минле, которое в переводе с татарского означает «с родинкой, имеющий родинку». Таким образом, буквально имя Минлебай переводится как «господин с родинкой». Таким образом, потомок человека, которого звали Миндубай, со временем получил фамилию Миндубаев.