Фамилия Миндубаев происходит от тюркско-татарского мужского имени Миндубай. Вопрос о значении этого имени не имеет однозначного ответа, и ономасты предлагают две основные версии, которые стоит рассмотреть по отдельности.

Согласно первой, более прямой гипотезе, имя Миндубай восходит к тюркскому слову, означающему приветствие, пожелание мира и спокойствия. В этом случае имя можно перевести как «Приветствую!» или «Желаю мира». Имена-пожелания, дававшиеся ребенку как оберег или благословение, были широко распространены в тюркской традиции, поэтому такая трактовка имеет право на существование.

Однако более убедительной выглядит вторая версия, согласно которой Миндубай — это диалектный или фонетически измененный вариант имени Минлебай. Разбор этого имени дает более конкретную картину. Оно, как и многие восточные имена, состоит из двух частей. Первая часть — Минле — восходит к татарскому слову со значением «с родинкой» или «имеющий родинку». Вторая часть — бай — традиционный титул, означающий «господин», «хозяин», «богач». Таким образом, имя Минлебай буквально переводится как «господин с родинкой». Родинка у многих тюркских народов считалась особым знаком, отметиной судьбы, поэтому такое имя могло подчеркивать исключительность или удачу его носителя.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий, возникших в среде крещеных татар или народов Поволжья. К основе Миндубай добавили стандартный русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность к отцу. Следовательно, Миндубаев — это буквально «сын Миндубая». Потомок человека, которого в свое время звали Миндубай, со временем получил фамилию Миндубаев, которая закрепилась за его родом.