Фамилия Мингубаева — одна из тех, где корень выдает тюркское происхождение, а суффикс указывает на географию бытования. Основа «Мингубай» (или «Мингуба») восходит к тюркскому имени-пожеланию. «Мин» в тюркских языках означает «тысяча» или «родинка» (в зависимости от диалекта), а «губай» — вариант имени Кубай, которое связано с арабским «кувват» (сила, мощь) или тюркским «куба» (светлый, бледный). В целом имя Мингубай могли давать ребенку со значением «тысяча сил» или «множество удачи» — типичная восточная формула оберега.

Окончание «-ева» говорит о том, что фамилия русская по форме, но образована от тюркского мужского имени. Это женский вариант: Мингубаева — жена или дочь Мингубая. Мужская форма — Мингубаев. Такие фамилии характерны для татар, башкир, а также народов Кавказа и Средней Азии, которые исторически контактировали с русской администрацией и принимали русские фамильные окончания в XIX–XX веках.

Географически фамилия встречается в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области, а также среди казахских и киргизских родов. Встречается вариант написания Мингубай, Мингюбаев — это следы разной записи при переписях. Сословно предки Мингубаевых могли быть как крестьянами, так и служилыми татарами или башкирами-вотчинниками, но точных данных по всей фамилии нет — слишком она редкая.

Словообразовательная модель проста: тюркское сложное имя Мингубай + русский патронимический суффикс -ев. Такой тип фамилий (на -ев от имен на -ай) распространен в Поволжье и Приуралье. В отличие от фамилий на -ин или -ский, здесь нет указания на принадлежность к конкретному роду или месту — только на имя отца.

Если сравнивать с однокоренными, то Мингубаев родственен фамилиям Мингазов, Мингалеев, Миннибаев — все они от тюркского «мин» в значении «тысяча» (символ множества). Но в отличие от них, корень «губай» встречается реже, что делает фамилию более локальной и менее распространенной.