Фамилия Миншинин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, образованное от глагола. Если отбросить фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Миншины), остаётся основа «Миншин». А она, в свою очередь, восходит к прозвищу Минша. Такая форма характерна для северных и вологодских говоров, где любили усекать слова и добавлять уменьшительный суффикс -ш-: вместо «медведь» — «миша», вместо «миновать» — «минша».

Самая вероятная версия: прозвище Минша дали человеку, который «минул» что-то — то есть обошёл, объехал, избежал. В крестьянском быту так могли назвать того, кто ловко уклонялся от работы, обходил препятствия или, наоборот, удачно миновал опасность на промысле. В говорах слово «минуть» означало также «кончиться, пройти» — отсюда прозвище мог получить ребёнок, родившийся после долгой болезни матери или в конце тяжёлого года.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Минша, где «мин» означает «тысяча» (как титул военачальника тысячи). Но для русской фамилии с суффиксом -ин это нетипично: тюркские основы обычно дают окончание -ов. Скорее всего, Миншинин — чисто русская фамилия, закреплённая в северных и сибирских регионах, куда уходили переселенцы. Встречается она крайне редко, и её носители, вероятно, потомки одного рода, разошедшегося по Уралу и Сибири в XVII–XVIII веках.

Особенность фамилии — в её глагольной природе. Большинство русских фамилий образованы от имён или названий предметов, а здесь — от действия, от глагольного корня «минуть». Это сближает Миншинина с фамилиями вроде Хватов, Спешилов или Бросалин, где прозвище описывало не внешность, а поведение или случай из жизни предка.