Фамилия Миняйлов — редкий случай, когда основа практически не оставляет споров, а вот суффикс заставляет задуматься. В её центре лежит просторечная форма крестильного имени Минай — вариант канонического Мина (от греческого «месяц»). В русской традиции имена на -ай (Минай, Кузьмай, Терентий) часто давали в быту, а фамилии от них образовывали по обычной модели: Минай + суффикс -лов. То есть Миняйлов — буквально «сын Миная». Но здесь есть тонкость: суффикс -лов, а не -ов. В русской ономастике -лов встречается реже, чем -ов, и обычно появляется, если основа оканчивалась на -л: например, от прозвища Козёл — Козлов. В случае с Миняйловым напрашивается промежуточная форма Миняйло — прозвище или обиходное имя с окончанием -о. Такие формы типичны для южнорусских и украинских говоров: Миняйло, как Горбайло, Кричайло. Соответственно, Миняйлов — это отчество от Миняйло, где суффикс -ов присоединился к основе на -л, дав привычное -лов.

Если верить географическому распределению, фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Ростовской областях и Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает южное происхождение исходного прозвища Миняйло. Второй, менее вероятный, вариант — связь с диалектным глаголом «минять» (менять), который мог дать прозвище Меняйло или Миняйло тому, кто занимался обменом, торгом. Однако связь с именем Минай выглядит убедительнее: слишком много в русских фамилиях образовано от уменьшительных форм календарных имён, чтобы искать бытовой корень там, где есть прямой антропонимический.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -лов описывается как одна из продуктивных, но не самая частая. Миняйлов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Козлов, Орлов, Соколов — по механизму образования, хотя основа у них совсем разная. Социальный статус предков, скорее всего, был крестьянским или мещанским: фамилии от просторечных форм имён редко встречались у дворянства, которое предпочитало полные варианты или книжные формы. Так что Миняйловы — это потомки человека по имени Минай (или Миняйло), жившего, вероятно, на юге России, и нёсшего в фамилии память о своём имени, а не о занятии.