Фамилия Мирхакимова — женская форма, а мужская — Мирхакимов. В её основе лежит сложное имя, образованное от двух арабских корней: «мир» (эмир, повелитель) и «хаким» (мудрый, правитель, судья). Буквально имя Мирхаким означает «повелитель мудрых» или «мудрый правитель». Такие составные имена с компонентом «мир» были особенно популярны в мусульманских семьях Средней Азии и Поволжья: Мирзо, Мирза, Миргаяз, Мирхат. Они несли пожелание знатности и достоинства.

Фамилия образована по русской модели: к основе Мирхаким прибавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Мирхакимов). То есть первоначально это было отчество: сын Мирхакима. В тюркской среде, в частности у татар и башкир, такие фамилии на -ов стали массово закрепляться в XIX — начале XX века после введения всеобщей переписи и паспортной системы.

Географически фамилия Мирхакимова чаще всего встречается среди татар, башкир, а также у народов Кавказа и Средней Азии. В России наибольшая концентрация носителей — в Татарстане, Башкортостане и соседних областях. Встречаются варианты написания с одной «м» (Мирхакимов) или с буквой «х» в начале (Хирхакимов), но они редки.

Примечательная деталь: в отличие от многих фамилий, образованных от арабских имен, у Мирхакимова нет «народной» или обиходной версии — например, усечённой формы. Это говорит о том, что имя-основа воспринималось как цельное и значимое, его не сокращали и не переделывали. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были людьми уважаемыми в своей общине — религиозными деятелями, судьями или зажиточными крестьянами, так как имя Мирхаким давали не каждому.