Фамилия Мирофонова — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не прозвище и не ремесло, а составное слово, которое почти не встречается в современных русских фамилиях. Разберём её по частям: первая половина «Миро-» восходит к греческому «миро» — благовонное масло, используемое в церковных обрядах. Вторая часть «-фон» (от греческого «phone» — голос, звук) указывает на звучание или пение. Вместе «Мирофон» можно истолковать как «поющий миро» или «голос мира» — скорее всего, это не бытовое прозвище, а искусственно созданное имя, которое могло появиться в среде духовенства или в семинариях. В XIX веке будущим священникам и монахам нередко давали «говорящие» фамилии из греческих корней, подчёркивающие их служение: Мироносицкий, Миропольский, Миротворцев. Мирофонов — более редкий вариант той же традиции, где «фон» мог символизировать проповедь или литургическое пение.

Суффикс «-ов» в мужской форме (Мирофонов) и «-а» в женской (Мирофонова) указывают на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища отца. То есть предок носителя фамилии, вероятно, звался Мирофон — либо это было его мирское имя, данное при крещении, либо прозвище, закрепившееся за ним в церковной среде. Встречаемость фамилии крайне низкая: в современных базах данных она фиксируется единично, преимущественно в центральной России и Поволжье. Это подтверждает версию её искусственного происхождения — такие фамилии не распространялись широко, а оставались локальными, часто в пределах одной семьи священнослужителей.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять контекст. Миронов — одна из самых частых русских фамилий, образованная от имени Мирон (греч. «миро»). Мирофонова же не имеет отношения к имени Мирон: она составная, и её вторая часть уникальна. В ономастических трудах Б. Унбегана и В. Никонова подобные конструкции (греческий корень + греческий корень) описываются как типичные для семинарских фамилий, особенно в XVIII–XIX веках. Таким образом, предки Мирофоновых с высокой вероятностью принадлежали к духовному сословию: священники, дьяконы или псаломщики, получившие фамилию при поступлении в училище или семинарию.