Фамилия Миррофанов — редкий случай, когда написание напрямую указывает на путь, которым имя прошло в документы. В абсолютном большинстве случаев мы встречаем вариант Митрόфанов, и именно он записан в словарях. Двойное «р» и одна «т» в Миррофанове — это не опечатка и не альтернативная норма, а живое свидетельство того, как фамилию записывали со слуха в XIX веке, причём, скорее всего, в южнорусских или украинских говорах. Там, где аканье было сильным, «Митрόфан» звучало как «Митрофáн», а в безударном положении «т» перед «р» легко переходила в «р» — получалось «Миррофан». Писарь фиксировал то, что слышал, и закреплял двойное «р» на письме.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Митрофан (от греческого «метра» — мать и «файно» — являть, то есть «явленный матерью»). В святцах это имя носил епископ Константинопольский, а в России оно стало особенно популярно в купеческой и мещанской среде в XVIII–XIX веках. Фамилия Мирофанов (с одним «р») тоже существует, но она образована от другого, мирского имени Мирон. Миррофанов же — это именно искажение церковного Митрофан, и двойная «р» здесь не случайна: она подчёркивает, что исходное слово было длинным, с ударением на третий слог.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии: сын Миррофана. По сословной принадлежности предки Миррофановых, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается — написание с двумя «р» выдаёт простонародную среду, где грамотность была невысокой, а имя передавалось на слух. Сравните с фамилиями Филиппов (от Филипп) и Филипович — там тоже возможны варианты с одной «п» в просторечии, но Миррофанов идёт дальше: он меняет согласный в корне.

Встречается фамилия крайне редко, в основном в Курской, Воронежской и Ростовской областях — то есть в зоне акающих говоров. Если вы ищете свои корни по фамилии Миррофанов, стоит заглянуть в метрические книги конца XIX века: с большой вероятностью в них будет стоять «Митрофанов», и только в поздних советских паспортах закрепилось то самое, бытовое написание с двумя «р».