Фамилия Мисайлидис напрямую связана с крестильным именем Мисаил — одним из вариантов имени Михаил. Разница между ними не только в звучании, но и в происхождении: если Михаил восходит к древнееврейскому вопросу «кто как Бог?», то Мисаил — это та же самая основа, но переосмысленная в еврейской традиции как самостоятельное имя. Значение при этом сохраняется: «тот, кто подобен Богу» или «испрошенный у Бога». Покровителем имени считается Архангел Михаил, предводитель небесного воинства, который в христианской традиции стоит на страже Божьего закона.

Словообразовательная модель здесь — греческая. Суффикс -идис указывает на принадлежность к роду, то есть буквально фамилия означает «сын Мисаила» или «из рода Мисаила». Такая модель типична для греческих фамилий, особенно тех, что сложились в среде понтийских греков. В Российской империи фамилию могли носить выходцы из Малой Азии или Причерноморья, переселившиеся в Крым, на Кавказ или в южные губернии.

В русской среде имя Мисаил встречалось редко, в основном среди монашествующих. Известно, что его носили несколько епископов и игуменов, поэтому фамилия Мисайлидис — это скорее след греческого влияния, чем исконно русская традиция. В греческом произношении ударение обычно падает на предпоследний слог, но в русском бытовании фамилия часто получает ударение на второй слог — Миса́йлидис.

Стоит различать фамилию Мисайлидис и однокоренные русские фамилии вроде Мисаилов или Мисайлов. Последние образованы от того же имени, но по славянской модели с суффиксом -ов, что означает «сын, потомок». Греческий вариант с -идис сохраняет более архаичную родовую форму, которая не прижилась в русском языке, но хорошо различима в греческом. Если человек с фамилией Мисайлидис ищет свои корни, стоит обратить внимание на греческие церковные метрики и документы о переселении греков в Россию в XIX — начале XX века.