Фамилия Мисева — женская форма, а мужская — Мисев. Она принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных с помощью суффикса -ев. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й, поэтому в фамилии Мисев/-ева корень заканчивается на мягкое «с».

Сам корень — «Мис-» — скорее всего, восходит к краткой форме крестильного имени. В русской ономастике известны канонические имена Мисаил и Мисей (оба из древнееврейского, означают «испрошенный у Бога»). В быту эти имена часто сокращали: Миса, Мисейка, Мисайло. От таких обиходных форм и пошли фамилии Мисов, Мисев, Мисаев, Мисайлов. Мисев, таким образом, — это «сын Миси» (то есть Мисаила или Мисея).

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах глагол «мисить» означал «месить», «мять», «толочь». Тогда прозвище Мисей могли дать человеку, который занимался ручным трудом, замешивал тесто или глину. Однако для возникновения фамилии прозвищное значение встречается реже, чем отчество от крестильного имени.

Географически фамилия Мисева (и Мисев) встречается в основном в центральной России и в северных областях, а также у болгар и македонцев, где она тоже образована от имени Мисей. В русском контексте это фамилия крестьянского или мещанского сословия, что типично для отчеств на -ев, не перешедших в дворянские.

В написании возможна путаница: если предки писали фамилию через «я» — Мясев, — то корень уже от имени Мясей (редкая форма от Емельян). Но для фамилии Мисева исходное имя Мисаил остаётся самым надёжным объяснением.