Фамилия Мисинев в основе своей хранит прозвище Миса. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать словообразовательную цепочку: прозвище Миса → отчество или притяжательное прилагательное Мисин → фамилия Мисинев. Суффикс «-ев» здесь указывает на принадлежность: буквально Мисинев означает «сын Миси» или «человек из рода Мисиных». Само прозвище Миса, по наиболее убедительной версии, восходит к украинскому нарицательному «миса» — так называли большую тарелку, миску. В украинских говорах это слово было обиходным, а потому легко могло стать основой для прозвища. За таким прозвищем мог стоять человек с хорошим аппетитом, дородный, либо тот, кто изготавливал или продавал такую посуду — гончар или коробейник.

Слово «миса» имеет древние корни: через польское посредство оно восходит к немецкому «Mass» (мера, сосуд для измерения) или к латинскому «mensa» (стол). Впрочем, для носителя фамилии важнее не дальняя этимология, а то, что прозвище звучало просто и по-домашнему. В старину на Руси и в Малороссии прозвища от предметов быта встречались часто: Ложка, Ковш, Горшок. Миса стоит в этом же ряду. Притяжательная форма «Мисин» дала фамилии Мисинин, Мисинов, а форма с суффиксом «-ев» — Мисинев.

Интересно, что фамилия Мисинев не слишком распространена и встречается в основном в южнорусских областях и на Украине, что согласуется с украинским источником прозвища. Возможно, предки носителей этой фамилии переселялись с территории современной Украины на Дон, Кубань или в Поволжье, принося с собой и прозвище. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались у казаков и однодворцев, но точных записей именно о Мисиневых в открытых источниках мало — фамилия осталась в тени более массовых.

Отдельно стоит сказать о написании. Вариант с буквой «е» в суффиксе («Мисинев») характерен для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или от форм с окончанием «-я». Если бы прозвище звучало как Миса, логичнее было бы ожидать фамилию Мисин. Появление «-ев» может говорить о том, что в основе лежала форма Мисий (церковное имя или его просторечный вариант), либо о влиянии говоров, где после «с» смягчение утратилось. В любом случае, современное написание Мисинев закрепилось в паспортных документах, и именно его стоит считать основным для потомков рода.