Фамилия Мисинюк — характерный пример восточнославянской модели фамилий на -юк. Этот суффикс, особенно распространённый на западе Украины, в Беларуси и на прилегающих территориях, указывает на происхождение от отца или на принадлежность к роду: буквально «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в основе. В данном случае основа — Мисиня.

Сама основа Мисиня — это, скорее всего, производная форма от крестильного имени. В православных святцах известны имена Мисаил (древнееврейское «испрошенный у Бога») и Моисей (от египетского «дитя» или «спасённый из воды»). В устной речи их часто сокращали и переделывали на бытовой лад: Миса, Мися, Мисайло. От таких обиходных форм и пошло множество фамилий — Мисюк, Мисайлов, Мисин. Мисиня — ещё один вариант такой «домашней» основы, к которой затем добавили патронимический суффикс -юк.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем. В некоторых говорах «мися» или «мисюня» могло означать неуклюжего, медлительного или излишне мягкого человека. Однако для фамилии Мисинюк эта версия слабее: суффикс -юк чётко указывает на отчество, а не на характеристику человека.

Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины — исторической Волыни, Подолью, а также к югу Беларуси. Там модель на -юк была самой массовой в XVI–XVIII веках. В России Мисинюки встречаются редко, в основном как результат миграций XIX–XX веков.

С социальной точки зрения, носители фамилии почти наверняка происходят из крестьянского или казачьего сословия. В тех краях фамилии на -юк закрепились за простыми людьми, не имевшими дворянского титула. Интересно, что в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали полное имя отца (Мисин сын), форма Мисинюк сохранила уменьшительную, почти ласкательную основу — Мисиня. Это говорит о том, что имя отца в быту звучало не как Мисаил, а именно как Мися, Мисиня.

Таким образом, Мисинюк — это «сын Мисини», то есть потомок человека, которого в домашнем кругу звали Мися, а полное имя скорее всего было Мисаил или Моисей.