Фамилия Мисинчук образована по украинской модели с суффиксом -чук, который указывает на происхождение от человека по имени или прозвищу Мисин. В основе этой фамилии лежит либо имя Миса (уменьшительное от Михаил или Дмитрий в украинских говорах), либо прозвище Миса, связанное с диалектным словом «мис» — так в некоторых регионах называли миску, чашу. В таком случае прозвище мог получить человек, делавший или продававший деревянную посуду, либо тот, кто любил плотно поесть.

Суффикс -чук типичен для фамилий Правобережной Украины, особенно Волыни, Подолья и части Галичины. Это значит, что предок Мисинчуков, скорее всего, жил именно в этих краях и был сыном человека по прозвищу Миса (Мисин буквально — «Мисин сын»). В отличие от распространённых фамилий на -енко, которые встречаются повсеместно, -чук имеет более узкую географическую привязку к западным и центральным областям Украины.

В документах фамилия могла фиксироваться в разных вариантах: Мисинчук, Мысынчук, Мисынчук — из-за особенностей местного произношения и записи в метрических книгах. Встречается и вариант Мищенчук, где корень тот же, но с другим суффиксом. Родственных фамилий — Мисин, Мисик, Мисяк, Мищенко — много, но Мисинчук выделяется именно своим патронимическим суффиксом, который прямо говорит о родстве: не просто «тот, кто связан с Мисой», а именно «потомок Миси».

Точных сведений о дворянском или крестьянском происхождении фамилии нет, но массовый характер фамилий на -чук говорит о том, что предки Мисинчуков были скорее всего крестьянами или мещанами. Фамилия не относится к числу очень редких, но и не входит в первую сотню распространённых — её носители живут в основном в Украине, а также в соседних странах, куда уезжали в XIX–XX веках.