Фамилия Мишихина — вариант женской формы фамилии Мишихин, и её основа кроется в прозвище или имени, а не в географическом названии. Разберёмся по порядку.

Самая вероятная версия: в основе лежит имя Михаил, точнее, его народная форма Мишиха. В русских говорах, особенно северных и сибирских, суффикс -их(а) активно использовался для образования прозвищ и неканонических имён: Мишиха — это «Михаил» или, реже, человек, связанный с Михаилом (например, его жена или работник). Фамилии на -ин традиционно образуются от таких основ: чей? — Мишихин, то есть принадлежащий Мишихе. Суффикс -ин здесь стандартный указатель на родство или принадлежность, как в фамилиях Петин, Васин.

Менее распространённая, но допустимая версия — отчество от прозвища Мишка (уменьшительное от Михаил), но с необычной для литературного языка формой: в некоторых диалектах вместо ожидаемого Мишкин закрепилось Мишихин. Это могло произойти под влиянием местного произношения или фамильного узуса. Третья версия, совсем редкая, связывает фамилию с глаголом «мишить» (целиться, метить) — в таком случае Мишиха означала бы «меткий стрелок» или «тот, кто прицеливается». Однако эта гипотеза слабее, так как глагольные прозвища с суффиксом -их(а) встречаются реже, чем от имён.

Географически фамилия Мишихин (и Мишихина) тяготеет к северным и центральным регионам России, особенно к Вологодской, Архангельской и Кировской областям. Там диалектная форма Мишиха была в ходу до XIX века. Социальный состав носителей — в основном крестьяне и мещане: фамилия не «дворянская», без суффикса -ский, что указывает на простонародное происхождение.

Таким образом, предки современной Мишихиной, скорее всего, были людьми, которых в деревне звали Мишихами — либо по имени Михаил в местном произношении, либо по прозвищу от этого имени. Фамилия закрепилась в женской форме, как это принято в русской традиции для замужних женщин или дочерей.