Фамилия Мишинова — женская форма от Мишинов. В её основе, скорее всего, лежит не церковное имя, а прозвище, образованное от слова «мишина» или «мишиный». В русских говорах «миша» — не только медведь, но и неуклюжий, простоватый человек. Однако в фамилии работает не столько само слово, сколько притяжательный суффикс -ин-: Мишинов буквально означает «сын Миши» или «человек из рода Мишиного». Но есть нюанс: если бы фамилия образовалась напрямую от имени Михаил (в просторечии Миша), форма ожидалась бы Мишин, а не Мишинов. Добавление суффикса -ов к основе на -ин встречается реже и обычно указывает на вторичное образование: сначала появилось прозвище Мишина, затем от него — фамилия Мишинов.

Вероятнее всего, Мишинов — это фамилия, возникшая от прозвища Мишина, которое могло закрепиться за человеком по характерному признаку: либо он носил одежду из медвежьего меха («мишина»), либо его поведение напоминало медвежье. В русских говорах слово «мишина» фиксируется в значении «медвежья шкура» или «туша медведя». Таким образом, родоначальник мог быть охотником, скорняком или просто иметь медвежью стать. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -инов от прозвищ на -ина — типичная севернорусская модель (сравните: Строганов от строгана, Бородинов от бородина).

Встречается Мишинова и в форме с ударением на второй слог — Миши́нова, что более характерно для южнорусского ареала. Географически фамилия редкая, её очаги — Поволжье и Урал, где промысел на медведя был распространён. В дореволюционных метрических книгах Мишиновы записаны как крестьяне и мещане, в основном из Казанской и Вятской губерний. Однокоренные фамилии — Мишин, Мишков, Мишенин — встречаются чаще, но именно Мишинов сохранила редкую словообразовательную цепочку: от имени нарицательного через прозвище с суффиксом -ина.