Фамилия Мишинов образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от личного имени через суффикс принадлежности -ов. Основа здесь — имя Миша, уменьшительная форма от Михаил. Суффикс -ов указывает на то, что родоначальник, скорее всего, был сыном или потомком человека по прозвищу или домашнему имени Миша. В крестьянской и мещанской среде, где фамилии закрепились позже всего, такие «патронимические» фамилии (от имени отца) давали прямой ответ на вопрос: «Чей ты?» — «Мишинов», то есть Мишин сын.

Интересно, что фамилия Мишинов — не путать с более частой Мишин. Разница в суффиксе может указывать на разную историю закрепления. Форма Мишинов (с суффиксом -ов) характерна для северных и центральных областей России, где долго сохранялась полная форма отчества: «Мишин сын» со временем превращалось в Мишинов, а не сразу редуцировалось до Мишин. В южных и западных регионах чаще побеждала краткая форма (Мишин). Так что Мишинов — это более архаичный, полный вариант той же модели.

В некоторых говорах слово «миша» могло быть не только именем, но и прозвищем — так называли неуклюжего, косолапого человека или, наоборот, большого и сильного, по ассоциации с медведем (медведя в народе издавна звали Мишей). Не исключено, что в отдельных случаях фамилия пошла не от имени, а от такого прозвища, но это менее вероятно: подавляющее большинство русских фамилий на -ов образовано именно от крестильных имён.

Фамилия встречается нечасто, но имеет географическую привязку. По данным переписей и архивов, Мишиновы концентрируются в Вологодской, Архангельской и Костромской областях — то есть на Русском Севере, где фамилии на -ов с полной основой держались дольше. Встречается она и у старообрядцев, которые вообще стремились сохранять более древние формы словообразования.

Таким образом, фамилия Мишинов — это не просто вариант фамилии Мишин, а самостоятельная форма, которая говорит о северном происхождении рода и о том, что предка, скорее всего, звали Михаилом, а в быту называли Мишей. Никакой загадки или многозначности здесь нет — перед нами прозрачный пример русской патронимической фамилии, сохранившей полную огласовку отчества.