Фамилия Мишуков отвечает на вопрос «чей ты будешь?» и образована от личного имени или прозвища Мишука. Это одна из просторечных, обиходных форм крестильного имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «благонравный». Получается, что родоначальник Мишуковых — человек, которого в быту звали Мишукой, а его дети и внуки по традиции стали писаться как Мишуковы: «сын Мишуки».

Имя Михаил на Руси было одним из самых распространённых, поэтому и уменьшительных вариантов у него накопилось множество: Миша, Миха, Михалко, Мишуля и, наконец, Мишука. Последняя форма с суффиксом -ук- звучит особенно по-народному, даже несколько фамильярно. Такие имена-производные чаще всего встречались в рабочей, ремесленной и крестьянской среде, где сложные церковные формы не приживались, а человека звали коротко и по-свойски. Выходец из этой среды, носивший имя Мишука, и стал основателем рода.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе Мишук- добавили типичный «фамильный» суффикс -ов, который указывает на принадлежность роду. Так же возникли, например, Петруковы, Васьковы или Гришуковы — все они образованы от уменьшительных форм соответствующих крестильных имён. Интересно, что фамилия Мишуков не единственная в этом семействе: от того же корня пошли Мишулины (от Мишуля) и Мишины (от Миша), но Мишуковы выделяются именно редкой, не столь частотной формой исходного имени.

Иногда Мишуков путают с фамилией Мишурин или Мишуткин, но это совсем разные ответвления: там другие уменьшительные суффиксы. А вот версия о связи с каким-либо ремеслом или прозвищем по профессии здесь не подтверждается: корень «миш-» в русских говорах не даёт устойчивых нарицательных значений, которые могли бы лечь в основу прозвища. Поэтому самая правдоподобная и простая трактовка — именно от имени Михаил.

В документах фамилия Мишуков встречается с XVII века, когда у крестьян и посадских людей начали закрепляться наследственные прозвания. Чаще всего она фиксировалась в северных и центральных русских землях, где имя Михаил почиталось особенно широко. Сегодня носители фамилии живут по всей России, и их родство с древним именем Михаил остаётся главным и самым надёжным объяснением происхождения.