Фамилия Мишуковская напрямую связана с именем Михаил. В основе лежит его уменьшительная форма Мишук — так в старину ласково или по-свойски называли Михаила. Имя это пришло на Русь вместе с христианством и означало «благонравный», а его производные, вроде Мишуля, Миха, Михалко, Мишук, встречались повсеместно. От той же основы пошли и более частые фамилии Мишуков, Мишутин, Мишин, а вот Мишуковская стоит в этом ряду особняком.

Формант -ская указывает на географическую или сословную природу фамилии. Такие окончания типичны для дворянских родов, но ещё чаще — для фамилий, возникших от названий сёл и местечек. Мишуковской могли назвать женщину, вышедшую замуж за Мишукова, либо человека, владевшего землёй или жившего в поселении с названием вроде Мишуково или Мишуковка. То есть фамилия отвечает не на вопрос «чей ты сын», а на вопрос «откуда ты родом».

Поскольку суффикс -ская чаще встречается в западных и южных регионах Российской империи, не исключено, что корни рода уходят в белорусские, украинские или польские земли, где подобная модель образования фамилий была особенно распространена. Впрочем, в XVIII–XIX веках такие фамилии могли присваиваться и семинаристам при поступлении в духовные училища — им нередко меняли простонародные фамилии на более благозвучные, искусственно создавая формы на -ский.

Процесс закрепления фамилий шёл медленно и неравномерно, поэтому точно сказать, где и когда именно возник род Мишуковских, без серьёзных генеалогических изысканий нельзя. Слишком много факторов влияло на выбор: место жительства, сословие, даже прихоть писаря. Можно лишь уверенно утверждать, что в основе фамилии лежит древнее и любимое на Руси имя Михаил, а её окончание выдаёт связь с определённой местностью или более привилегированным положением предков по сравнению с крестьянами, носившими простые фамилии на -ов и -ин.