Фамилия Мишукова восходит к крестильному мужскому имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «благонравный». Это имя считается довольно распространённым на Руси и имеет несколько уменьшительных вариантов: Мишуля, Миха, Михал, Михалко, Миша, Мишука. Скорее всего, основатель рода Мишуковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишука, со временем получил фамилию Мишукова.