Фамилия Мишкоева — женская форма фамилии Мишкоев, которая почти наверняка имеет осетинские корни. В осетинском языке фамилии с окончанием -ев, -ов образуются от личных имён или прозвищ, и Мишкоев не исключение. Основа здесь — Мишко, уменьшительная форма имени Михаил, распространённая у осетин и других народов Кавказа. Суффикс -ой (или -ойтæ) в осетинских фамилиях указывает на принадлежность к роду: Мишкоев буквально значит «из рода Мишко». Модель образования типична для дигорских и иронских фамилий, где к основе добавляют -ев, реже -ов, и фамилия не меняется по падежам в мужском роде.

Географически Мишкоевы чаще всего встречаются в Северной Осетии, особенно в Дигорском ущелье и среди осетин-дигорцев. Есть вероятность, что фамилия связана с топонимом Мишко (например, селение или урочище), но документальных подтверждений этому нет. В русском языке фамилию адаптировали с типичным для осетинских фамилий окончанием -ев, а женский вариант Мишкоева появился по модели русских фамилий на -ова. Спорных версий две: некоторые краеведы возводят Мишкоев к тюркскому слову «миш» (медь) или «мишк» (мешок), но это лингвистически слабо — осетинская огласовка и суффикс указывают именно на личное имя.

Социально предки Мишкоевых были, скорее всего, свободными общинниками или воинами, а не знатью — осетинские фамилии на -ев редко встречаются у высшего сословия (у тех преобладали -ты или -он). В советских документах фамилия фиксировалась с ударением на второй слог: Мишко́ева, хотя в осетинском произношении ударение падает на первый. Носителей фамилии немного, и она не входит в число распространённых, что делает её редкой даже среди осетинских фамилий.