Фамилия Мишинева — это женская форма, а мужская, Мишинев, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от личного имени или прозвища с помощью суффикса принадлежности -ев. В основе лежит имя Мишиня, которое является уменьшительно-ласкательной формой от канонического имени Михаил. В русской народной среде имя Михаил давало множество производных: Миша, Мишутка, Мишуня, и Мишиня — одно из них, характерное для северных и центральных говоров, где суффикс -ин(я) придавал имени оттенок ласки или принадлежности к младшему члену семьи.

Модель образования фамилии проста: отчество «Мишинин сын» со временем закрепилось как Мишинин, а вариант Мишинев возник из формы Мишиня — с заменой суффикса -ин на -ев, что встречается в говорах, где конечное -я в основе переходило в -ев при образовании притяжательного прилагательного. Таким образом, Мишинев буквально означает «сын Мишини» или «потомок того, кого звали Мишиня».

Встречается фамилия преимущественно в центральных областях России, особенно в Вологодской, Костромской и Ярославской губерниях — регионах, где была сильна традиция бытовых уменьшительных форм имён. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с этим прозвищем, но фамилия осталась относительно редкой: она не попала в списки массовых дворянских родов и не получила широкого распространения за счёт переселений.

Спорных версий происхождения у Мишинева немного. Иногда основу связывают с диалектным словом «мишина» — так в некоторых говорах называли медведя (от «мишка»), но это скорее народная этимология: прямое прозвище «Мишина» для человека маловероятно, а имя Мишиня надёжно выводится из Михаила. Других корней — от тюркских или финно-угорских основ — для этой фамилии не прослеживается, что делает её типичным образцом русского отчества от уменьшительного имени.