Фамилия Мишнаевская — редкий случай, когда географическая привязка просматривается почти наверняка, а вот с корнем всё сложнее и интереснее. Начинать стоит с суффикса -ск- и окончания -ая: это классическая модель для фамилий, образованных от названий населённых пунктов (сел, местечек, усадеб). Такие фамилии были особенно распространены в польско-литовской и западнорусской шляхетской среде, а позже — у духовенства, которое часто получало фамилии по названию церковного прихода или села. Мишнаевская, скорее всего, происходит от топонима Мишнаево или Мишнаевка. Подобные названия встречаются в Беларуси и на западе России, но в открытых источниках крупных сёл с таким именем нет — значит, речь может идти о небольшом хуторе или урочище, которое не сохранилось на современных картах.

Корень Мишн- — самый спорный элемент. Первая версия: он восходит к имени Мишня — уменьшительно-пренебрежительной форме от канонического имени Михаил (через Миша → Мишня). Вторая версия, менее очевидная, но лингвистически возможная: связь с диалектным словом «мишна» или «мешна» (от «мешок») — прозвище для торговца, носильщика или просто полного человека. Третья, самая редкая гипотеза: корень мог прийти из идиша или иврита, где «мишна» — часть устного закона (Мишна). Но для русской фамилии с суффиксом -ск- это маловероятно: в еврейской ономастике такие фамилии обычно оканчиваются на -ский, но основа почти никогда не берётся прямо из религиозного термина без посредничества места или прозвища.

Самая правдоподобная версия — от имени Мишня. Если существовал человек по прозвищу Мишня (Михаил), а его потомки владели или жили в деревне, названной в его честь (Мишняево → Мишнаевка), то фамилия Мишнаевская могла закрепиться за дворянами или однодворцами, получившими эту землю. В пользу этого говорит и суффикс -ев- в основе (Мишня → Мишняев → Мишнаевский), который типичен для притяжательных форм.

С точки зрения социальной истории, фамилия Мишнаевская почти наверняка принадлежала не крестьянам, а шляхте или духовенству. У крепостных крестьян такие «географические» фамилии на -ский появлялись редко и чаще всего искусственно (при переписях). Если же носитель фамилии — потомок священника, то его предок мог получить фамилию по названию села, где стояла церковь. В любом случае, фамилия указывает на конкретное место, которое, к сожалению, пока не удаётся привязать к современному населённому пункту. Возможно, оно исчезло в ходе войн или укрупнения деревень.