Фамилия Мишурина образована от прозвища или имени Мишура, и у этой основы два разных источника. Первый — нарицательное слово «мишура», которым в старину называли поддельное швейное и ткацкое золото и серебро, нить и бить из олова или меди, а также готовые изделия из них. В переносном смысле так говорили о пустом человеке, щеголяющем внешностью ради одного вида. Прозвище Мишура могло указывать либо на род занятий предка — изготовление или продажу мишуры, либо на особенности его внешности и характера, если окружающие видели в нём позёра.

Вторая версия ведёт фамилию к крестильному имени Михаил. От него через уменьшительную форму Миша образовалась просторечная форма Мишура, которая и закрепилась за человеком как обиходное имя. В переводе с древнееврейского Михаил значит «благонравный». Обе версии по-своему правдоподобны, но вторая выглядит даже более естественной: суффикс -ур- в русских прозвищных и уменьшительных именах встречается нередко, а вот прямая связь с ремеслом мишурников прослеживается хуже, поскольку само слово в этом значении было довольно узким.

Фамилия оформлена по типичной модели: к основе Мишура добавился суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность потомку человека с таким прозвищем или именем. То есть Мишурина буквально значит «дочь или жена Мишуры», а изначально фамилия закрепилась за женщиной, но в современном употреблении относится ко всем носительницам. Мужской вариант — Мишурин.

Скорее всего, основатель рода Мишуриных был человеком из простого сословия: такие фамилии на -ин чаще всего возникали в крестьянской и мещанской среде, где прозвища и уменьшительные формы имён свободно переходили в наследственные именования. Родственные фамилии — Мишуров, Мишурин, Мишуркин — встречаются в разных регионах России, но общей географической привязки у них нет: имя Мишура было распространено повсеместно, где бытовало имя Михаил.