Фамилия Мишурко звучит на украинский или белорусский лад — об этом говорит суффикс -ко. В восточнославянской ономастике такие фамилии обычно образовывались от личных имён, прозвищ или названий занятий и закрепились в среде крестьян и казаков. Корень здесь — Мишур-, который восходит к имени Михаил в его просторечной форме Мишура. Уменьшительно-ласкательные варианты вроде Мишура, Мишук, Мишата были распространены в быту, и от них пошли целые гнёзда фамилий: Мишурин, Мишуков, Мишуров.

Однако есть и вторая версия, менее очевидная. Слово «мишура» в русском языке известно как название блестящей металлизированной нити или дешёвого украшения. В переносном смысле так могли прозвать человека за внешний лоск, хвастовство или несерьёзность. В украинских говорах встречается и «мішура» — нечто показное, ненастоящее. Если прозвище Мишура возникло именно от этого слова, то фамилия Мишурко — это «сын или потомок Мишуры». Такое объяснение правдоподобно, но уступает первой версии по частоте: в массе документальных записей XVI–XVIII веков фамилии на -ко чаще привязывались к крестильным именам, а не к нарицательным прозвищам.

Географически фамилия Мишурко плотнее всего закрепилась на западе и юге Украины — в Винницкой, Хмельницкой, Кировоградской областях, а также в приграничных районах Беларуси. Встречается она и в России, но спорадически, чаще всего как результат переселений XIX–XX веков. Сословно носители фамилии в основном относились к крестьянам и мещанам; в ревизских сказках XIX века Мишурко нередко записаны в списках государственных крестьян или казаков.

Особенность фамилии — устойчивость окончания -ко, которое не склонялось в украинской традиции и сохранилось в русской среде без русификации (не превратилось в Мишуров). Это указывает на относительно позднее закрепление фамилии, уже после того, как суффикс -ко перестал восприниматься как уменьшительный и стал фамильным показателем.