Фамилия Мисяев — одна из тех, где ударение ставится по-разному в разных семьях: на первый или на второй слог. Это не ошибка, а следствие того, что фамилия могла возникнуть в разных говорах и от разных основ. В любом случае, её ядро — имя или прозвище Мисей, Мисяй.

Самая вероятная версия: основа Мисяй — это производная форма от крестильного имени Михаил. В русской народной среде имя Михаил давало множество уменьшительных вариантов: Михей, Миша, Мишутка, а также Мисяй (через форму Миса). Суффикс -яй в таких именах характерен для северных и центральных говоров (сравните: Андрей — Андряй, Илья — Ильяй). Таким образом, Мисяй — это «Михаил» в домашнем, бытовом звучании. Фамилия Мисяев, соответственно, означает «сын Мисяя» или «потомок Мисяя».

Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть слово «мис» (медь) или личное имя Мисей, но для русской фамилии это маловероятно: суффикс -ев однозначно указывает на славянскую модель образования от имени на -ей. Если бы основа была тюркской, мы бы скорее увидели фамилию Мисяев с другим ударением и в ином ареале.

Фамилия Мисяев встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда». Её можно найти в Поволжье, в некоторых областях Центральной России и на Урале. Это говорит о том, что носители фамилии — потомки крестьян или мещан, которые в разное время переселялись или были приписаны к разным губерниям. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится, что подтверждает её народное, «уличное» происхождение.

С точки зрения словообразования, фамилия Мисяев стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Андреев, Матвеев, Тимофеев, но с той разницей, что в основе лежит не полное, а уменьшительное имя. Это делает фамилию более «домашней»: она не от официального Михаил, а от того, как человека звали в семье и в деревне. Если ваш предок был Мисяем, значит, в своём кругу он был Мишей, но в документах писарь зафиксировал именно просторечную форму, которая и закрепилась за родом.