Фамилия Мисягин — одна из тех, где основа прозрачна, а вот с происхождением возможен небольшой выбор. Она образована по самой распространённой русской модели: от прозвища или имени при помощи суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Мисяга — это человек, а Мисягин — его потомок, буквально «сын Мисяги».

Ключевой вопрос — что такое «Мисяга». Вероятнее всего, это диалектная форма крестильного имени Михаил. В русских говорах имя Михаил сокращали по-разному: Миша, Мишук, Мися. Форма «Мисяга» — результат народной переделки с характерным суффиксом -яг(а), который придавал имени ласкательный или, наоборот, фамильярный оттенок (сравните: Ваняга, Коляга). Таким образом, Мисягин — это «Михайлов», но в нецерковной, бытовой форме.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В северных и вологодских говорах словом «мисяга» могли называть неуклюжего, медлительного человека. Это слово, возможно, родственно глаголу «мисять» — месить, мять (например, тесто). Если прозвище давалось по характеру или походке, то фамилия отражала бы внешнюю черту предка. Однако связь с именем Михаил выглядит более естественной: прозвищ от канонических имён в России было значительно больше, чем от редких диалектных слов.

Фамилия встречается в основном в центральных областях России, особенно в Нижегородской и соседних регионах. Это косвенно подтверждает первую версию: в этих местах форма «Мисяга» от Михаила была вполне обычной. В дворянские роды Мисягины, судя по доступным данным, не входили — это фамилия крестьянская или мещанская, что типично для фамилий на -ин, образованных от уменьшительных имён.