Фамилия Мисягина почти наверняка восходит к имени или прозвищу Мисяга. В основе лежит либо краткая форма крестильного имени Михаил, либо прозвище от глагола «месить». Разберем обе версии по порядку, так как каждая имеет право на существование.

Первая и наиболее вероятная гипотеза связывает фамилию с именем Михаил. Мисяга — это одна из народных, обиходных форм этого имени, образованная по той же модели, что и Васяга от Василий. Имя Михаил было чрезвычайно популярно на Руси и в мире: в Англии оно звучит как Майкл, в Германии — Михель, во Франции — Мишель, в арабских странах — Микаил. В переводе с древнееврейского оно означает «равный Богу Яхве». В христианской традиции это имя носит Архангел Михаил — главный военачальник небесного воинства, один из самых почитаемых библейских персонажей. Православная церковь отмечает праздник Собора Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных 8 ноября (по старому стилю — 21 ноября по новому). Существует вероятность, что родоначальник Мисягиных родился именно в этот день и был наречен Михаилом в честь архангела.

Вторая версия — прозвищная. В малороссийских говорах бытует глагол «місити», то есть «месить» — разминать густую вязкую массу, перемешивая ее. Отсюда прямое значение прозвища: Мисягой могли назвать искусного повара, мастера замешивать тесто. Однако более правдоподобно переносное значение этого слова. В том же малоросском наречии «місити» означало также «наносить удары, бить». По аналогии с фамилией Верещага (от «верещать»), Мисягой могли прозвать драчуна, завзятого участника кулачных боев. Эта версия объясняет, почему прозвище закрепилось за человеком: оно указывало не на профессию, а на характер.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Мисягин — это сын, потомок Мисяги. В русской ономастике такая модель образования фамилий от личных прозвищ и уменьшительных имен — одна из самых распространенных. Таким образом, независимо от того, какая из версий верна, фамилия Мисягина — это память о конкретном человеке, которого в округе знали под именем или прозвищем Мисяга, и его потомки со временем унаследовали это именование как родовое.