Фамилия Мысягин образована от прозвища Мысяга. Это типичная для русского Севера и Поволжья модель: суффикс -ин добавляли к основам на -а, чтобы указать на принадлежность роду. Если отец носил прозвище Мысяга, его дети записывались как Мысягины — «дети Мысяги». Такая схема встречается реже, чем фамилии на -ов, поэтому сразу выделяет фамилию из ряда соседских.

Точное значение прозвища Мысяга спорно, и здесь стоит разобраться подробнее. Первая версия связывает его со славянским корнем «мосяг», который означал «латунь» или «медь». Тогда Мысягой называли мастера, который работал с медными сплавами: литейщика, котельщика или чеканщика. Прозвища по ремеслу в XV–XVII веках были обычным делом — так человека идентифицировали точнее, чем по имени, особенно в среде посадских людей и ремесленников.

Вторая гипотеза выводит прозвище от слова «мыс» — часть суши, выступающая в воду острым углом. В этом случае Мысягой могли прозвать человека, чей дом стоял на мысу, или того, кто владел таким участком. География фамилии частично поддерживает эту версию: Мысягины встречаются в регионах с развитой речной сетью, где мысы были естественными ориентирами для поселений.

Правдоподобнее выглядит первая версия. Дело в том, что форма «Мысяга» с характерным суффиксом -яг- чаще образовывалась от предметных, «профессиональных» корней, а не от географических терминов. Сравните с фамилиями, где -яг- указывает на занятие или орудие труда. К тому же переход «мосяг» в «мысяг» через «а» в безударной позиции — естественный фонетический сдвиг, который в говорах встречается регулярно.

Слабая сторона «мысной» версии в том, что она требует промежуточного шага: от «мыс» должно было возникнуть уменьшительное «мысок», а уже от него — «Мысяга». Такая цепочка возможна, но менее естественна, чем прямое заимствование из ремесленного словаря.

Точных сведений о первых носителях фамилии в открытых источниках нет. Можно лишь утверждать, что фамилия сложилась не позднее XVII века, когда прозвища начали закрепляться за потомками окончательно. В переписных книгах того времени подобные фамилии на -ин встречаются у крестьян и посадских людей, так что предки Мысягиных, скорее всего, не принадлежали к дворянству, а были людьми рабочего склада — либо мастеровыми, либо крестьянами, жившими у воды.

Сегодня фамилия редкая, встречается точечно, что тоже говорит о её древнем локальном происхождении: такие фамилии не «разъезжались» по стране, а оставались в пределах одного уезда или волости.